SDBP: スピーディー・ダブルブートストラップ法に基づいた系統樹の信頼性評価のためのRパッケージ
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概要
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分子系統樹の信頼性評価は,分子系統学だけではなく,生物の系統樹に依存する他の分野にも重要である.ブートストラップ法はモデルの信頼性評価では一般的に使われている非常に有名な手法であるが,その精度が低いので,様々な試みがなされている.その中の1つに,我々が提案したスピーディー・ダブルブートストラップ法と呼ぶ手法がある.我々の評価によれば,系統樹の信頼性評価では,スピーディー・ダブルブートストラップ法は精度の面でも,速度の面でも優れた性質を持つ方法である.そこで,我々はスピーディー・ダブルブートストラップ法を R のパッケージとして実装した.本研究報告では,スピーディー・ダブルブートストラップ法の理論背景と系統樹の信頼性評価でのアルゴリズムを解説した後,実装された R パッケージ SDBP の使い方について説明する.
- 2013-07-15
著者
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
任 愛珍
東京工業大学大学院情報理工学研究科数理・計算科学専攻
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科数理・計算科学専攻|東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
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