タンデム質量分析ソフトウェアCoCoozoのマルチコアCPUとGPUを用いた高速化
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概要
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生命科学や創薬などの分野において,タンパク質を同定する手法の一つに,タンデム質量分析があるが,近年,機器の発展やデータベースの増大によって,質量分析において計算機による解析が律速となりつつある.そこで本研究では,この問題に対処するために,質量分析スペクトル解析ソフトウェア CoCoozo を対象にして,高速化を目的に改良を行った.本研究では,アルゴリズムの改良に加え,マルチスレッド化,GPGPU 化を行い,プレカーサ情報完備の場合の解析について,アルゴリズムの改良だけで,CPU でも従来と比べて 8.9 倍の高速化を実現した.さらに,プレカーサ情報が欠落した場合の解析においては,12 CPU コアを用いた場合で,従来に比べて 15.9 倍,それに加えて GPU を用いた場合で,従来と比べて 18.1 倍の高速化を実現した.
- 2013-07-15
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
夏目 徹
産業技術総合研 生物情報解析研究セ
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
小幡 康文
東京工業大学工学部情報工学科
-
夏目 徹
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター
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