De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減
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概要
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de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラであるVelvetは,その消費メモリ量の多さが課題とされている.Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており,1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリ量の削減手法が既に提案されている.本稿では後半のステップで Velvet が作成する de Bruijn Graph やその他のデータ構造を分割することで,Velvet の後半の消費メモリ量を削減した.
- 2013-12-04
著者
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学
-
杉浦 典和
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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