分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析
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概要
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タンパク質とリガンドの相互作用の度合いを数値化した結合自由エネルギーは、タンパク質・リガンド間の機能解析、最近では特に薬を設計する上で重要な情報である。本研究では、汎用的なPCクラスタを用いて、タンパク質とリガンド間の結合自由エネルギー値を求めるシステムを開発する。このシステムは、結合自由エネルギーを求める際にShirtsのアルゴリズム、Jarzynskiの等式とベネット受容比法を用いる方法を用いることで大規模分子動力学シミュレーションを行い、計算結果が定量比較可能になることを目指している。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
村岡 洋一
早稲田大学大学院理工学研究科情報ネットワーク専攻
-
関嶋 政和
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
池田 潤一
早稲田大学基幹理工学研究科情報理工学専攻
-
池田 潤一
早稲田大学基幹理工学研究科情報理工学専攻:産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
村岡 洋一
早稲田大学
-
岡部 洋一
日本ビクター株式会社ビデオ事業部
-
岡部 洋一
東京大学
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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