確率的情報処理による生体分子の熱揺らぎ解析に関する研究

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概要

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近年、計算機の発展によりスーパーコンピューターやPCクラスタを使うことによって、細かいタイムステップでもナノ秒単位の生体分子のシミュレーションが短時間で出来るようになった。それに伴い、大量のデータの解析には様々な手法が用いられている。一般的なシミュレーションデータ解析では、タンパク質の状態遷移を可視化することが多く、それらはタンパク質がある構造から別の構造に遷移する現象を明らかにすることを目指している。本研究では分子動力学シミュレーションで得られたトラジェクトリデータをいくつかの構造に分類し、HMM(隠れマルコフモデル)による解析を行うことで、タイムステップ毎の時系列遷移からは解析が難しい、タンパク質の熱揺らぎのパターン解析を提案する。また、マイクロ秒に及ぶシミュレーションにより得られた膨大なデータを円滑に解析することができる一貫したシステムの開発も行った。
社団法人情報処理学会の論文
2007-12-20

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