大規模計算機によるタンパク質間の結合自由エネルギー計算
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概要
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結合自由エネルギー情報は、タンパク質間の相互作用を知る上で非常に重要である。本研究では、汎用的なPCクラスタを用いて、タンパク質間の結合自由エネルギー値を求めるシステムを紹介する。このシステムは、結合自由エネルギーを求める際にShirtsのアルゴリズム、Jarzynskiの等式を用いて、大規模分子動力学シミュレーションを行い、計算結果が定量比較可能にした。
- 2008-07-07
著者
-
村岡 洋一
早稲田大学大学院理工学研究科情報ネットワーク専攻
-
関嶋 政和
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
池田 潤一
早稲田大学基幹理工学研究科情報理工学専攻
-
大野 一樹
アステラス製薬株式会社
-
秋岡 明香
早稲田大学基幹理工学研究科情報理工学専攻
-
折田 正弥
アステラス製薬株式会社
-
野口 保
早稲田大学理工学術院
-
関嶋 政和
早稲田大学理工学術院
-
秋岡 明香
電気通信大学
-
池田 潤一
早稲田大学基幹理工学研究科情報理工学専攻:産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
村岡 洋一
早稲田大学
-
秋岡 明香
早稲田大学
-
岡部 洋一
日本ビクター株式会社ビデオ事業部
-
岡部 洋一
東京大学
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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