Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とエピゲノム解析への対応(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
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概要
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我々は以前にsuffix arrayを用いた高速な相同性検索システムを提案したが,近年の次世代シークエンサーの進歩が目覚ましく,得られる配列データは増加しており,さらなる高速化が必要とされている.このため,本研究では従来システムの改良を試み,長さL_<hash>のすべての文字列のsuffix arrayの検索結果を予め計算しておき,これを保存しておく.そして,検索の際はL_<hash>文字目までの検索には保存しておいたものを読み出すことで高速化した.また,このシステムを用いてエピゲノム解析へも対応するために,バイサルファイト処理を行ったDNA断片配列のマッピングができるように改良を行った.
- 一般社団法人電子情報通信学会の論文
- 2012-06-21
著者
-
鈴木 脩司
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
鈴木 脩司
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
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