GPUを用いた高速な配列相同性検索のsuffix arrayによる改良(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

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概要

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我々は以前にGPUを用いたメタゲノムの配列マッピングの手法を開発し,GHOSTMというツールとして実装を行った.しかし,短いDNA断片配列に対して設計されたGHOSTMでは長いDNA断片配列を解析するには不向きである.また,1ノード当たりのCPUのコア数とGPUの枚数がほぼ等しいと仮定していたが,多くの計算機ではノード当たりのGPUの枚数より多くのCPUコアが搭載されており,残されたCPUコアが活用出来ていなかった.これらの課題を解決するために,以前開発したsuffix arrayを用いたseedの探索を使った相同性検索の手法をベースとし,見つかったseedに対してGPUを用いたSmith-Waterman法ベースのアライメントの伸長をCPUによるseed探索と非同期に行うことで長い配列にも対応可能で1ノードの全ての計算資源を活用するツールを開発した.
2011-06-16

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