GPGPUを用いた高速な配列相同性検索の圧縮アミノ酸によるアルゴリズム改良
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概要
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土壌や生体内などの環境に生息する遺伝子を同時に解析するメタゲノム解析では,大量で高感度な配列相同性検索を行わなければならず,膨大な計算時間を必要とする.従来用いられてきた BLAST 等の配列相同性検索ツールは,現在の DNA シークエンサーのスループットに対して,計算速度は不十分である.そこで,我々は以前に GPU を用いた高速な配列相同性検索ツールを開発したがシークエンサーのスループットの更なる向上に伴い,一層の高速化が求められている.本研究では高効率且つ高感度に検索が可能になるとその有効性が示されている圧縮アミノ酸を利用した新たなアルゴリズムを提案し,GPU 上で動作するより高速な配列相同性検索の実装を行った.また,その評価実験を行い,従来のツールと比較し,提案手法の有用性を証明した.
- 2013-12-04
著者
-
鈴木 脩司
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
鈴木 脩司
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
渡部 翔
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|東京工業大学情報生命博士教育院
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