De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減

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概要

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de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラであるVelvetは,その消費メモリ量の多さが課題とされている.Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており,1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリ量の削減手法が既に提案されている.本稿では後半のステップで Velvet が作成する de Bruijn Graph やその他のデータ構造を分割することで,Velvet の後半の消費メモリ量を削減した.
2013-12-04

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