MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用
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概要
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我々が開発している MEGADOCK は,立体構造情報からタンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction, PPI) を予測するソフトウェアであり,これまで細菌走化性シグナル伝達パスウェイでその性能評価が行われてきたが,その他のパスウェイでの評価はまだ行われていなかった.別パスウェイでの性能評価のために,本研究では MEGADOCK をヒトアポトーシスパスウェイ中のタンパク質群に適用し, PPI 予測を行った.その結果,構造情報の得られた 57 タンパク質から 452 の PPI が予測され,そのうち 88 の PPI が既知 PPI データベース情報として存在することを確認した.既知複合体構造をテンプレート情報として用いる PRISM の予測性能と比較すると, MEGADOCK は PRISM に比べてわずかに低い結果となった.予測結果の内容については, MEGADOCK は PRISM と大きく異なっていることが分かったので,双方のコンセンサスを取り,より信頼性の高い予測を行うことを試みた.その結果,予測の信頼度である Precision 値を改善させることに成功した.コンセンサスによる結果から未知 PPI として予測されたものの中には,実際に相互作用する可能性が高いと考えられるタンパク質ペアがいくつか含まれていることが分かった.
- 2012-11-29
著者
-
大上 雅史
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
大上 雅史
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|日本学術振興会特別研究員
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
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