ハッシュテーブルの分割によるde novoアセンブリの改良(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
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概要
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代表的なde novoアセンブラの一つであるVelvetは,大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メモリ量の多さが課題とされている.本稿ではハッシュテーブルを分割することで,特に消費メモリ量の多い前半のvelvethの消費メモリを削減する手法を提案した.またハッシュテーブルを分割する手法として,新たにリード分割法を提案した.リード分割法の提案により,従来より提案されているk-mer値に応じた分割法に比べ,少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した.
- 一般社団法人電子情報通信学会の論文
- 2012-06-21
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学
-
杉浦 典和
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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