拡張されたナイーブベイズを用いたメタゲノム配列の系統分類
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概要
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メタゲノム解析では環境中の微生物の分布の解明のため,混在した多種の微生物の DNA 断片配列の生物種毎への分類が行われる.近年,DNA シーケンサのスループットが急速に向上しており,より高速に DNA 断片配列を分類する手法が求められている.そこで,我々は計算量が少なく一定の予測精度が得られるナイーブベイズに注目し,ナイーブベイズを拡張したモデルである naive Bayes with a hidden class (NBH) または hidden naive Bayes (HNB) を用いることにより高速かつ高精度なメタゲノム配列の系統分類手法の開発を目指した.また,HNB に関して分類をより高速にするためにアルゴリズムの改良を試み,UCI repository のデータセットを用いてメタゲノム分類以外のケースについても,その予測精度と計算速度の確認を行った.
- 2013-12-04
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