ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

元データ 2011-06-16

概要

タンパク質-RNA間相互作用(protein-RNA interaction, PRI)は,細胞システムの理解に重要であり,複数のタンパク質とRNAの相互作用関係を網羅的に予測する手法の確立が求められている.我々は立体構造情報を用いたタンパク質問相互作用予測システムMEGADOCKを開発してきたが,本研究ではMEGADOCKに対してCHARMM27核酸原子パラメータを導入することで,RNA立体構造を扱えるように拡張した.Protein Data Bankより選出した78のRNA結合タンパク質による78×78件の網羅的PRI予測を行い,元の構造に相当する78ペアを正例,その他の6,006ペアを負例として評価を行った結果,F値0.465での予測に成功した.

著者

秋山 泰 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
大上 雅史 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
松崎 由理 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
石田 貴士 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
松崎 由理 東京工業大学
石田 貴士 東京工業大学 大学院情報理工学研究科
秋山 泰 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
内古閑 伸之 (社)バイオ産業情報化コンソーシアム
内古閑 伸之 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
内古閑 伸之 東京工業大学大学院情報理工学研究科
大上 雅史 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|日本学術振興会特別研究員
秋山 泰 東京工業大学 大学院情報理工学研究科

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