最長共通部分列に基づくDNA配列の高速クラスタリング
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概要
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近年,次世代シーケンサーの登場により一度のシーケンシングで大量の DNA 配列データが得られるようになった.これに伴い読み取られた配列データの解析に要する時間が急激に増大したため,大量の配列データを高速処理できる新しい解析アルゴリズムが必要になりつつある.本研究では次世代シーケンサーから得られた DNA 配列のクラスタリングを高速化することを目的とし,配列クラスタリングにおける類似配列ペアの高速フィルタリング手法として 「LCS filtering」 を開発した.これを既存手法と組み合わせることで,精度を維持しつつ大規模 DNA 配列データのクラスタリング処理を大幅に高速化することに成功した.
- 2010-12-09
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
並木 洋平
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
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