分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良
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概要
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タンパク質を剛体とみなすタンパク質間ドッキング予測では,NMRやX線結晶解析により決定された構造と溶媒中構造の違いが大きい場合やドッキングに構造変化を伴う場合,複合体の構造を正確に予測することが困難になる.そこで分子動力学計算をもとにタンパク質構造のアンサンブルをとり,クラスター分析を適用してドッキング用の候補構造群を抽出する.これによって得られた構造に対して従来のドッキング計算を実行することで,構造変化を考慮したドッキング予測を実現した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2009-09-10
著者
-
秋山 泰
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
松崎 裕介
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
関嶋 政和
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学
-
関嶋 政和
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|東京工業大学学術国際情報センター
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
関嶋 政和
東京工業大学
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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