配列プロファイルを利用したドメインリンカー予測(DNA・タンパク質構造)
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概要
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ドメインリンカー予測は、タンパク質の立体構造を迅速に決定するうえで重要な役割を果たす。従来のドメインリンカー予測法では、スライディングウィンドウにより予測を行うため、ドメインリンカーに出現するアミノ酸の位置依存性を十分に考慮することができない。本稿では、ドメインリンカーの両端部分に着目し、配列プロファイルから抽出した各アミノ酸の出現位置依存性をもとに、サポートベクターマシーンを用いて予測する方法を提案する。提案手法をDSSPで決定したコイル領域に対して適用させた結果、従来手法に比べ、Sensitivity、Specificity共に約20%向上することが可能であると確認した。
- 2006-09-15
著者
-
山名 早人
早稲田大学
-
滝沢 雅俊
早稲田大学大学院理工学研究科
-
野口 保
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
-
滝沢 雅俊
早稲田大学大学院理工学研究科:産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
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