マルチプルアラインメントプログラムPRIMEの速度・精度両面からの改良
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概要
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マルチプルアラインメント(MSA)の作成はバイオインフォマティクスにおいて重要な役割を果たす。これまでにさまざまなMSAアルゴリズムが考案されてきたが、依然として改良が続けられている。我々はPRIMEというMSAプログラムを開発してきた。PRIMEは精度の良いアラインメントを作成可能であるが、他の高精度なプログラムと比べて計算が遅い。そこで、ヒューリスティックな手法を新たにPRIMEへ導入した。ベンチマークの結果から精度の低下を2%程度に抑え、2倍以上の高速化を実現することができた。また、maximal expected accuracy (MEA)法に基づいたMSAアルゴリズムについても評価を行い、配列数が多い場合に多大な計算時間を要するものの、元のPRIMEより高精度であることが分かった。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
山名 早人
早稲田大学
-
山田 真介
早稲田大学大学院理工学研究科情報ネットワーク専攻:産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
後藤 修
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
後藤 修
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
後藤 修
産業技術総合研究所・生命情報科学研究センター
-
YAMANA Hayato
Electrotechnical Laboratory
-
山名 早人
早稲田大学理工学術院
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