並列反復改善法によるタンパク質配列のアライメント
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概要
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タンパク質配列のマルチブルアライメントの問題は、組合せ最適化問題と捉えることができ、実用的規模の問題では、大量の計算量を必要とする。生物学者が手作業でアライメントをする場合も、大変な労力が必要であり、高品質で高速な自動システムが望まれている。我々は、並列推論マシンを利用し、実用規模のアライメントを、現実的な時間内に実行するシステムを構築した。本システムは(ツリーベース)並列反復改善法を用いており、実用規模の問題においても、従来法より高品質なマルチプルアライメントを提供する。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1992-09-28
著者
-
十時 泰
株式会社情報数理研究所
-
十時 泰
(株)情報数理研究所
-
石川 幹人
明治大学
-
石川 幹人
松下通信
-
石川 幹人
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
-
星田 昌紀
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
-
広沢 誠
(財)かずさdna研究所
-
広沢 誠
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
-
戸谷 智之
(財)新世代コンピュータ技術開発機構研究所第2研究部
-
十時 泰
株式会社情報数理研究所:(現)理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
-
戸谷 智之
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
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