並列シミュレーテッドアニーリングとタンパク質配列解析
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概要
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多数のタンパク質のアミノ酸配列の類似性を解析する有効な手法であるマルチブルアライメントは、組み合わせ最適化問題として定式化可能である。シミュレーテッドアニーリング(SA)[2]は汎用の組み合わせ最適化問題の有効な解決手法のひとつである。また、順位検定を用いることにより、並列SAにおいて、実行時間の短縮を図ることができる。我々は、昨年の温度並列SA[4]に引き続き、この新たな並列SAもごマルチプルアライメントの問題に適用し、性能の考察を行った。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1992-09-28
著者
-
荒木 均
松下電器産業株式会社 情報通信東京研究所
-
荒木 均
松下電器産業株式会社東京情報システム研究所
-
石川 幹人
明治大学
-
石川 幹人
松下通信
-
石川 幹人
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
-
星田 昌紀
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
-
戸谷 智之
(財)新世代コンピュータ技術開発機構研究所第2研究部
-
戸谷 智之
(財)新世代コンピュータ技術開発機構
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