デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
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概要
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生物の遺伝子発現量の時系列データを利用して各生物が持つ遺伝子を分類する要求が高まっている.現在行われている分類は, いずれも発現データを直接ユークリッド距離などの尺度で比較していた.ところが, 実験で得られるデータには実験誤差が含まれており, 発現データをそのまま解析することは困難である.そこで, 本研究では, 離散フーリエ変換やウェーブレット変換などのデジタル信号処理の変換方式を適用し, 時系列データの時間成分だけでなく, 周波数成分も使った解析を行う.これにより, 遺伝子発現量のような誤差を含む時系列データの解析が容易になるものと考えられる.本研究では, すでに全遺伝子の発現パターンが得られている出芽酵母を対象にして遺伝子のクラスタリングを行う.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2000-11-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
坪井 宣洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
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