一般化suffix arrayによるタンパク質アミノ酸配列集合からの文字列出現特性の解析
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概要
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近年, いくつかの生物種では全DNA塩基配列が読みとられた.DNA配列の中で実際にタンパク質に翻訳されると予想される部分もアミノ酸配列の形で公開されている.それら配列は生物の持つ機能を考える上で重要な意味があると考えられている.アミノ酸配列が類似するタンパク質は同じ機能を持つことも分かっている.本論文では, 一般化suffix arrayというデータ構造を用いて1つの生物のアミノ酸配列に含まれるすべての部分文字列から最も頻繁に出現する文字列を探索する.さらに, 実際に公開されている11種類の生物種に対して本提案手法を実行した結果についても示している.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-07-24
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
粕川 雄也
理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造・機能研究グループ
-
粕川 雄也
大阪大学基礎工学部情報工学科
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
粕川 雄也
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
川口 俊朗
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
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