反転と転移によるゲノム再編成の近似アルゴリズム
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概要
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近年, 生物のゲノム上の遺伝子の並びを解析することにより, 生物の進化過程を推定する手法が提案されている.この手法では, 2つの生物のゲノムで同一の遺伝子の並びが与えられたとき, ある生物の遺伝子並びをもう一方の生物の遺伝子並びに変換する最小の操作回数を求める.操作には任意個数の連続する遺伝子の転移およびそれらの順番の反転がある.この問題はNP-困難であると予想されているので, 我々はこの問題に対する多項式時間近似アルゴリズムを開発し, このアルゴリズムの近似率が2であることを証明した.さらに, 本アルゴリズムにより乱数で生成した遺伝子並びを変換したときの最適解との比較, および本アルゴリズムを最近その全DNA配列が決定されたいくつかの細菌のゲノムに対して適用した結果について報告する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-05-22
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
山中 啓之
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
山中 啓之
Graduate School Of Engineering Science Osaka University:(present Address)ntt Data Corporation
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