An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions
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概要
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Recently a new approach has been proposed for inferring the evolutionary process of genomes based on comparison of gene orders. It involves searching for the minimum number of reversals and/or transpositions to sort a permutation of genes between genomes. Since the complexity of the problem is conjectured as NP-hard, we developed a 2-approximation algorithm for genome rearrangements with both reversals and transpositions. In comparison with the optimum solution in randomly generated permutations, the performance of our algorithm is 1.19 for the average approximation ratio and 1.67 for the worst case. In the application of our algorithm to comparison between complete bacterial genomes, we obtained good results in just several seconds.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1999-02-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
Graduate School of Engineering Science, Osaka University
-
山中 啓之
Graduate School of Engineering Science, Osaka University
-
橋本 昭洋
Graduate School of Engineering Science, Osaka University
-
山中 啓之
Graduate School Of Engineering Science Osaka University:(present Address)ntt Data Corporation
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