近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現
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概要
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本研究では高速シーケンサが出力するショートリードを用いて DNA 塩基配列構造の有向非循環グラフ表現を提案する.解析対象となる DNA を断片的に読み取ったショートリードはサンプル特有の塩基配列構造情報を内在している.それらを抽出するためにショートリードクラスタリングが行われるが,従来のクラスタの表示法では構造情報の抽出が難しい.そこで我々は近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングを行い,クラスタを有向非循環グラフで表現することで,構造情報の効果的な抽出を目指す.
- 2012-02-23
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
瀬尾 茂人
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科
-
上田 大介
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
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