マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
生体機能を解明するためには,ゲノム,化合物,タンパク質,細胞,器官を統合したマルチスケールシミュレーションがフィジオーム・システムバイオロジーとして必要不可欠となる.そのため生理機能を統合的に理解するためにマルチスケールシミュレーションを可能にする基盤が必要となる.一方,マルチスケールシミュレーションを行うためのシミュレーション,データ検索/提供サービスは各スケールで出そろい始めている.しかしこれらは研究者らが研究に必要なデータやサービスを自身で探さなければならない.そこで本研究では,ネームスペースサービスを利用したWebサービスおよびデータの探索システムを設計し関連するディレクトリサービスなどとの比較を行った.
- 2010-02-25
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
野村 泰伸
阪大
-
野村 泰伸
大阪大学 大学院医学系研究科薬理学講座(分子・細胞薬理学)
-
野村 泰伸
大阪大学大学院基礎工学研究科生体工学領域大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
-
木戸 善之
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
-
福本 貴紀
大阪大学大学院情報科学研究科
-
野村 泰伸
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
-
倉智 嘉久
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
-
松田 秀雄
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
-
野村 泰伸
大阪大学大学院 基礎工学研究科
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
倉智 嘉久
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター|大阪大学大学院医学系研究科
-
野村 泰伸
大阪大学臨床医工学融合研究教育センター|大阪大学大学院基礎工学研究科
関連論文
- Webサービス情報の統合のためのレポジトリ連携手法の提案
- タンパク質における立体構造のコード化とその解析
- 一側肢内協調性障害と左右間協調性障害 : パーキンソニズム患者と小脳失調患者の比較研究
- 795 Central pattern generator (CPG) modelの安定には中脳黒質-基底核系の制御が必要である(理学療法基礎系30)
- アナログ・デジタルハイブリッドモデルを用いた心筋興奮の実時間シミュレーション
- ヒト静止立位制御機能の定量化と制御理論モデルに基づくその解釈
- フィジオームにおけるデータベースとシミュレーションプラットフォーム
- 2302 全身ボクセルデータ作成の高度化と臓器全身力学モデルの構築へのアプローチ(OS23.生命体統合シミュレーション(1))
- in-Silicoスクリーニングを支援するワークフロースキーマの設計と実装(Chemical bioinformatics)
- ヒト静止立位時の重心動揺と下腿筋活動の立位条件依存性と制御モデルに基づくその解釈
- マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究
- ヒト静止立位姿勢制御の新しい仮説 (歩行と姿勢制御)
- 広域WWWキャッシュサーバネットワークの設計
- 分散データベースシステムにおける効率的な実体化ビュー更新手続き
- 単語の共起頻度と範囲内重要度による分子生物学データベースの関連エントリ探索手法
- マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合と検索の実現
- 大阪大学臨床医工学融合研究教育センター
- Physiome. jp における統合生命科学推進のためのプラットフォーム開発
- 統合生命科学・予測生命科学の潮流と工学が果たす役割
- 足裏への微小機械刺激がヒト静止立付時の重心動揺に与える影響
- マルコフモデルに基づくゲノム配列からの外来性遺伝子の検出
- フィジオームプロジェクトの課題
- デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
- パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム
- デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
- 概念階層を持つパターン言語の帰納学習による遺伝子クラスタ解析への応用
- 類似構造検索機能を持つ分子系統樹データベースシステムの実現
- 文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価
- XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
- An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions
- 一般化suffix arrayによるタンパク質アミノ酸配列集合からの文字列出現特性の解析
- 最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法
- アミノ酸残基の分布に基づくタンパク質局所構造のモデル化
- 反転と転移によるゲノム再編成の近似アルゴリズム
- 遺伝子情報解析の計算機支援
- タンパク質立体構造の文字列によるコード化
- 階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi
- 並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張
- 分散共有メモリ型超並列計算機JUMP-1におけるスケーラブルI/Oサブシステムの構成
- 立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良
- 医・工・情報学連携によるフィジオーム研究の推進(OS-8)
- 6.バイオデータサービス(バイオデータベースの今)
- Tanimoto係数を用いた類似化合物検索のクラスタリングによる高速化手法
- 構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法
- 5ZK-10 大規模な化合物データベースからの類似化合物探索手法(情報爆発時代におけるマルチメディアデータと位置依存情報処理,学生セッション,「情報爆発」時代に向けた新しいIT基盤技術)
- Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法
- 化合物活性予測のためのTanimoto係数とRandom ForestのProximity Measureの組合せ手法
- TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法
- TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法
- 反応分類番号によるパスウェイアライメントの提案
- 絶対値発現量を用いた外れ値検出法に基づく組織特徴的な代謝反応パスウェイの抽出手法
- 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
- 完全線形符号による部分配列エンコード法の提案と多重アライメントへの応用(アルゴリズム)
- D-7-9 CAGEデータに基づく組織特異的な代謝反応パスウェイの抽出(D-7.MEとバイオサイバネティックスA(バイオサイバネティックス),一般講演)
- D-4-16 Webサービス統合環境実現のためのメディェータシステムの設計と実装(D-4.データ工学,一般講演)
- 系統プロファイルを利用した代謝反応ネットワーク中の保存領域抽出手法(Pathway and database)
- 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用(セッション1)
- ペースメーカ仮説とネットワーク仮説に基づく脊髄神経回路モデルを用いた交互バースト生成メカニズムの解析(BCI/BMIとその周辺,一般)
- ヒト静止立位姿勢の倒立二重振子間欠制御モデル(BCI/BMIとその周辺,一般)
- 夢はバラ色 予測医学基盤オープンプラットフォームの構築に向けて
- 2種類の部分木交叉オペレータを持つ遺伝的アルゴリズムによる最尤分子系統樹の探索
- OR並列Prolog処理系のための分散管理方式による負荷分散機構のAP1000上での実現
- OGSA-DAIによる異種バイオデータベースの連携手法とその評価(2003年並列/分散/協調処理に関する「松江」サマーワークショップ(SWoPP松江2003))(CPSY-6並列分散ソフトウェア)
- LA-008 遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法(A. モデル・アルゴリズム・プログラミング)
- 生物学的知見を利用したModule Bayesian Networkによる遺伝子制御ネットワークの推定(バイオインフォマティック)
- データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法(数理モデル応用)
- 生物学的知見を利用した Module Bayesian Network による遺伝子制御ネットワークの推定
- データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法
- バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」 : アカデミック分野での応用(グリッドコンピューティング)
- 代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出 (ゲノムサイエンスの新たなる挑戦) -- (第3部 ゲノム情報科学)
- 生命を構成する全遺伝子セットのコンピュータ解析 (特集 ゲノム情報から生命の原理を探る)
- 配列類似度に基づく大規模配列集合の高速分類アルゴリズム
- インタプリタ型汎用生体シミュレータinsilicoSimのGPUによる高速化
- 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法
- 遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
- Physiome.jpにおける汎用マルチエージェントモデル開発システムの構築
- ヒト静止立位姿勢の神経制御モデル
- ゲノムプロジェクトにおける情報科学技術の応用 : 遺伝子配列解析を中心に
- 遺伝的アルゴリズムによる最尤系統樹の探索
- 遺伝的アルゴリズムによる生物の系統関係の探索
- 生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法(合同企画セッション:バイオデータマイニング,機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
- 近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現
- 時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法
- D-6-6 並列生体シミュレータinsilicoSimにおけるエージェント割当手法(D-6.コンピュータシステムA(アーキテクチャ),一般セッション)
- AS-1-1 ヒト静止立位姿勢の神経制御メカニズムと中枢神経疾患による姿勢の不安定化(AS-1.モデリングとシミュレーションの最新動向,シンポジウムセッション)
- AI-3 数理的手法を用いたバイオロジー(AI-3.数理的手法を用いたバイオロジー,依頼シンポジウム,ソサイエティ企画)
- 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法
- 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法
- SF-090-4 疾患プロテオミクスによる大腸癌新規関連タンパク質マルチマーカーの開発(SF-090 サージカルフォーラム(90)大腸 基礎-3(遺伝子),第112回日本外科学会定期学術集会)
- 四肢動物の歩行パターンを制御する電子回路ネットワークの設計(BCI/BMIとその周辺,一般)
- 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法
- 四足歩行運動パターンを制御するアナログ回路設計の試み
- 汎用生体モデルの高速な並列シミュレーションのための階層的依存グラフの自動分割
- 四足歩行運動パターンを制御するアナログ回路設計の試み
- 8B45 健常者およびパーキンソン病患者の立位姿勢動揺パターンの統計的分類(GS04 ヒューマンダイナミクス2)
- 8A14 二重振子の間欠制御を用いたヒト静止立位姿勢制御のモデル化(OS1 筋骨格系のバイオメカニクス3)
- サドル型平衡点を伴うシステムを含むハイブリッド力学系の安定化制御 : ヒト立位姿勢・歩行運動制御および前立腺がんの間欠制御(招待講演,システムと信号処理及び一般)
- サドル型平衡点を伴うシステムを含むハイブリッド力学系の安定化制御 : ヒト立位姿勢・歩行運動制御および前立腺がんの間欠制御(招待講演,システムと信号処理及び一般)
- サドル型平衡点を伴うシステムを含むハイブリッド力学系の安定化制御 : ヒト立位姿勢・歩行運動制御および前立腺がんの間欠制御(招待講演,システムと信号処理及び一般)
- サドル型平衡点を伴うシステムを含むハイブリッド力学系の安定化制御 : ヒト立位姿勢・歩行運動制御および前立腺がんの間欠制御(招待講演,システムと信号処理及び一般)