汎用生体モデルの高速な並列シミュレーションのための階層的依存グラフの自動分割
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概要
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我々は汎用生体シミュレータ Flint を改良し,大規模な生体モデルを階層的グラフとして解釈・分割した結果をもとに並列シミュレーションコードを生成する手法を開発している.この手法では冗長計算による通信の削減を基本方針としており,従来の通信時間を辺の重みとしたグラフ分割ではシミュレーションコードの性能が低下しうる.本研究では,冗長計算および通信を実行時間に与える影響という観点から統一して扱い,その影響度を辺の重みとして表す.これによりシミュレーションコードにおける冗長計算および通信の最小化を達成するような分割を目指す.結果として,通信による影響が計算による実行時間の増加の 80 倍程度である環境において,従来の分割方針を用いた場合と比較して通信時間を 28%,総実行時間を 4.4%削減した.
- 2014-02-24
著者
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
野村 泰伸
阪大
-
野村 泰伸
大阪大学大学院 基礎工学研究科
-
置田 真生
大阪大学大学院情報科学研究科
-
浅井 義之
沖縄科学技術大学院大学
-
安部 武志
沖縄科学技術大学院大学
-
北野 宏明
沖縄科学技術大学院大学:システム・バイオロジー研究機構
-
吉川 禎
大阪大学大学院情報科学研究科
-
中村 亜希
大阪大学基礎工学部情報科学科
-
浅井 義之
沖縄科学技術大学大学院
-
北野 宏明
沖縄科学技術大学大学院:システム・バイオロジー研究機構
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