統合開発環境CUDAを用いたGPUでの配列アライメントの高速化手法(メモリアクセス,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2008))
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概要
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本稿では,生物学分野における配列アライメント処理の高速化を目的として,CUDAを用いた手法を提案する.提案手法はSmith-Watermanアルゴリズムを対象とする.高速な共有メモリ上で大部分の計算を処理することにより,低速なビデオメモリ・マルチプロセッサ間のデータ転送量を削減する.さらに,問い合わせ配列および対象配列をベクトル化することにより,演算回数を削減する.実験では,OpenGL実装と比較した.結果,アミノ酸配列データベースに対して,OpenGL実装と比べて最大で6.4倍の速度向上を達成した.このとき,ビデオメモリ・マルチプロセッサ間のデータ転送量を1/139に削減できた.
- 2008-03-05
著者
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
宗川 裕馬
大阪大学基礎工学部情報科学科
-
宗川 裕馬
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科
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