遺伝子配列に対するペアワイズアライメントのGPUによる高速化
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概要
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本稿では,GPU(Graphics Processing Unit)における高速なSmith-Waterman(SW)アルゴリズムの実装を示す.提案実装は1組の遺伝子配列に対するアライメントを高速に処理する.そのために,Striped SWアルゴリズムをタイリング技術とともにCUDA(Compute Unified Device Architecture)上に実装している.
- 2012-03-21
著者
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科
-
岡田 啓佑
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学
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