GPUグリッドによる高速な塩基配列アライメント(HPC-5 : アプリケーションI)
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概要
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本稿におけるGPU (Graphics Processing Unit)グリッドとは,家庭やオフィスにおける遊休資源を活用する計算グリッドの一形態である.その特長は,GPUをCPUと同様の汎用計算資源として提供する点にある.本稿では,GPUグリッドで高速に動作するアプリケーションの一例として,アミノ酸塩基配列データベースに対する配列アライメントの実装を示す.この実装は,単体GPU上で動作するLiuらのアルゴリズムを基にしている.マスタ・ワーカ方式を用い,GPUグリッド上でデータファイルに対する走査を並列処理し高速化する.実験では,単体GPU版,単体CPU版およびCPUグリッド版と比較した.結果,8台からなるグリッドにおいて,GPUグリッド版はCPUグリッド版に対して5倍以上高速であった.このときの性能は,描画部分に限れば1台のGPUで47GFLOPSであり,8台のCPUに匹敵する性能を引き出せた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-08-01
著者
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
萩原 兼一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
小谷 裕基
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻
-
小谷 裕基
大阪大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻:(現)jr東海
-
伊野 文彦
大阪大学大学院情報科学研究科
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