配列類似度に基づく大規模配列集合の高速分類アルゴリズム
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概要
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分子生物学におけるアミノ酸配列集合の解析手法として, マルチプルアライメントによる解析がある. しかし, マルチプルアライメントは対象となる配列集合が大規模(おおむね100以上)であると計算時間が膨大になり, また互いの類似度が高いような配列集合でないと意味のある結果が導き出せないことが知られている. そのため, あらかじめ配列集合をある程度互いの類似度の高い部分集合に分類しておく必要がある. そこで本研究では, 配列間の近似的な類似度を計算するFASTA 等の結果を用いることを想定した配列分類尺度を提案した. また, その分類尺度を基に, 大規模配列集合の分類に耐え得る高速性を持ったアルゴリズムを作成, 実装, 性能評価を行なった. その結果十分高速で, かつ既存の方法と比較して, よりうまく類縁関係に分類できることがわかった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1996-07-24
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
石原 達也
大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
-
岩出 智行
大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
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