完全線形符号による部分配列エンコード法の提案と多重アライメントへの応用(アルゴリズム)
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概要
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計算機は全ての情報を01のビット列として扱う.核酸配列を計算機で扱う場合,各塩基はそれぞれASCIIコードや2bitに圧縮された符号により表現される.本研究では,核酸配列の符号化単位を固定長の部分文字列とし,各部分文字列を4元完全線形符号の受信語として扱う.そして受信語に誤り訂正を行うことで得られた符号を部分文字列のコード表現とする.提案法では一部分文字列とその一塩基置換である部分文字列が同一のコードで表現されることになる.そのため,部分配列の文字列比較を多用するアルゴリズムに有用なコード法であると考えている.提案手法を局所マルチプルアライメント手法に適用し,その結果を報告する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-06-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
酒田 理人
東京大学医科学研究所
-
竹中 要一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科
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