化合物活性予測のためのTanimoto係数とRandom ForestのProximity Measureの組合せ手法
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
創薬プロセスでは化合物の化学的,生物学的な活性情報を用いた薬物探索が非常に重要である.化合物の活性を見つけるための構造類似性検索は,化合物の構造の有無をビットで表わしたフィンガープリントとTanimoto係数を用いた化合物類似尺度を用いて評価されることが多い.しかしながら,実際の化合物探索では少数の教師データを用いて精度を向上させながら大量のデータから活性化合物を見つけ出す手法が重要になってくる.そこで本研究では従来のTanimoto係数とRandam ForestのProximity Measureを用いた化合物類似尺度を線形判別分析によって組み合わせる評価法を提案する.特に,proximity Measure とTanimoto係数は学習手法と非学習手法という本質的に異った評価方法に基づいているので,これらの組合せによって活性化合物予測の精度が向上することが期待される.この手法を化合物データベースのいくつかのデータセットにおいて評価する.これらの結果から,提案手法が化合物活性の探索において有効であることが示される.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2008-03-03
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
瀬尾 茂人
大阪大学大学院情報科学研究科
-
河村 元
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科
関連論文
- Webサービス情報の統合のためのレポジトリ連携手法の提案
- タンパク質における立体構造のコード化とその解析
- N-Queen問題を対象としたマキシマムニューロンモデルの競合解消方式の提案
- 巡回セールスマン問題を対象としたニューロンフィルタの提案
- N-Queen問題を対象としたマキシマムニューロンモデルの"Winner-take-all"方式に関する研究
- マキシマムニューロンを用いたN-Queen問題のニューラルネット解法の提案
- in-Silicoスクリーニングを支援するワークフロースキーマの設計と実装(Chemical bioinformatics)
- マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究
- 広域WWWキャッシュサーバネットワークの設計
- 分散データベースシステムにおける効率的な実体化ビュー更新手続き
- 単語の共起頻度と範囲内重要度による分子生物学データベースの関連エントリ探索手法
- マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合と検索の実現
- マルコフモデルに基づくゲノム配列からの外来性遺伝子の検出
- デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
- パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム
- デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
- 概念階層を持つパターン言語の帰納学習による遺伝子クラスタ解析への応用
- 類似構造検索機能を持つ分子系統樹データベースシステムの実現
- 文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価
- XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
- An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions
- 一般化suffix arrayによるタンパク質アミノ酸配列集合からの文字列出現特性の解析
- 最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法
- アミノ酸残基の分布に基づくタンパク質局所構造のモデル化
- 反転と転移によるゲノム再編成の近似アルゴリズム
- 遺伝子情報解析の計算機支援
- タンパク質立体構造の文字列によるコード化
- 階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi
- 並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張
- 分散共有メモリ型超並列計算機JUMP-1におけるスケーラブルI/Oサブシステムの構成
- 立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良
- 6.バイオデータサービス(バイオデータベースの今)
- Tanimoto係数を用いた類似化合物検索のクラスタリングによる高速化手法
- 構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法
- 5ZK-10 大規模な化合物データベースからの類似化合物探索手法(情報爆発時代におけるマルチメディアデータと位置依存情報処理,学生セッション,「情報爆発」時代に向けた新しいIT基盤技術)
- Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法
- 化合物活性予測のためのTanimoto係数とRandom ForestのProximity Measureの組合せ手法
- TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法
- TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法
- 反応分類番号によるパスウェイアライメントの提案
- 絶対値発現量を用いた外れ値検出法に基づく組織特徴的な代謝反応パスウェイの抽出手法
- 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
- 完全線形符号による部分配列エンコード法の提案と多重アライメントへの応用(アルゴリズム)
- D-7-9 CAGEデータに基づく組織特異的な代謝反応パスウェイの抽出(D-7.MEとバイオサイバネティックスA(バイオサイバネティックス),一般講演)
- D-4-16 Webサービス統合環境実現のためのメディェータシステムの設計と実装(D-4.データ工学,一般講演)
- 系統プロファイルを利用した代謝反応ネットワーク中の保存領域抽出手法(Pathway and database)
- 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用(セッション1)
- FPGA間配線問題に対するニューロンフィルタアルゴリズムの提案
- 2種類の部分木交叉オペレータを持つ遺伝的アルゴリズムによる最尤分子系統樹の探索
- OR並列Prolog処理系のための分散管理方式による負荷分散機構のAP1000上での実現
- OGSA-DAIによる異種バイオデータベースの連携手法とその評価(2003年並列/分散/協調処理に関する「松江」サマーワークショップ(SWoPP松江2003))(CPSY-6並列分散ソフトウェア)
- LA-008 遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法(A. モデル・アルゴリズム・プログラミング)
- 生物学的知見を利用したModule Bayesian Networkによる遺伝子制御ネットワークの推定(バイオインフォマティック)
- データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法(数理モデル応用)
- 生物学的知見を利用した Module Bayesian Network による遺伝子制御ネットワークの推定
- データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法
- バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」 : アカデミック分野での応用(グリッドコンピューティング)
- 代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出 (ゲノムサイエンスの新たなる挑戦) -- (第3部 ゲノム情報科学)
- 生命を構成する全遺伝子セットのコンピュータ解析 (特集 ゲノム情報から生命の原理を探る)
- 配列類似度に基づく大規模配列集合の高速分類アルゴリズム
- 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法
- 巡回セールスマン問題の遺伝的アルゴリズムに対する凸包の応用
- 生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法 (ニューロコンピューティング)
- マキシマムニューロンを用いたN-Queen問題の準同期並列解法の提案
- 遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
- ゲノムプロジェクトにおける情報科学技術の応用 : 遺伝子配列解析を中心に
- 遺伝的アルゴリズムによる最尤系統樹の探索
- 遺伝的アルゴリズムによる生物の系統関係の探索
- チャネル割当問題を対象とした拡張マキシマムニューラルネットワーク解法の提案
- セルラー通信網のあるチャンネル割当問題に対するマキシマムニューラルネットワーク解法の提案
- 生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法(合同企画セッション:バイオデータマイニング,機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
- 近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現
- 時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法
- 時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法 (ニューロコンピューティング)
- 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法 (数理モデル化と応用 Vol.4 No.4)
- AI-3 数理的手法を用いたバイオロジー(AI-3.数理的手法を用いたバイオロジー,依頼シンポジウム,ソサイエティ企画)
- グラフカットを用いた生体骨組織における血管透過性の評価手法
- 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法
- 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法
- SF-090-4 疾患プロテオミクスによる大腸癌新規関連タンパク質マルチマーカーの開発(SF-090 サージカルフォーラム(90)大腸 基礎-3(遺伝子),第112回日本外科学会定期学術集会)
- 地方自治体の例規比較に用いる条文対応表の作成支援
- 時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
- XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
- 文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価
- 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法
- 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法
- グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割