遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
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概要
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生物の系統分類に用いられる系統樹を,種々の生物から得られたDNA塩基配列またはアミノ酸配列などの配列データどうしを比較することにより作成する新しい手法について述べる.系統樹の作成では,配列データを比較する方式の異なるいくつかの方法が提案されているが,我々の方法は最尤法に基づいている.最尤法では,与えられた配列データから構成可能な系統樹の候補(候補系統樹)を生成し,DNA塩基またはアミノ酸の統計的な置換頻度をもとに各候補系統樹が実現される確率を尤度として求め,候補系統樹の中から尤度最大のものを選択することにより系統樹を作成する.しかし,配列データ数が増えると候補系統樹の数は急激に増大するので,すべての候補系統樹を探索するのは困難であり,何らかの発見的探索が必要になる.そこで,我々は,遺伝的アルゴリズムに基づいて尤度最大の候補系統樹を探索する手法を開発した.我々の手法により実際にアミノ酸配列から分子系統樹を作成したところ,ほとんどの場合において他の分子系統樹作成法よりも良い結果が得られた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1996-06-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学基礎工学部情報工学科
-
川本 芳久
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系
-
松田 秀雄
大阪大学基礎工学部情報工学科
-
川本 芳久
大阪大学基礎工学部
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