遺伝的アルゴリズムにおけるマルチプル・ストリング・アライメント
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概要
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マルチプル・ストリング・アライメントは、複数個の有限長文字列に対して、各文字列の適当な位置にギャップ文字を挿入して、類似したパターンを揃える操作であり、蛋白質や遺伝子における構造と機能の関連調査など、生物学において利用される重要な技術である。遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm)は、多点情報を利用した確率的探索法の一種であり、組合せ最適化問題のような、多くの計算量を必要とする問題の近似解を、比較的短時間に見つけることができることが特長である。本報告では、遺伝的アルゴリズムを用いたアライメントの手法を示す。また、大きなインスタンスに対して、効率的に実行するために、その部分集合を取り出して、多段階に処理する手法を用いる。
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 1994-11-18
著者
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