遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
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概要
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分子系統樹とは,DNA塩基配列やタンパク質アミノ酸配列等の分子データをもとに作成した生物または遺伝子の系統樹である.分枝系統樹の作成では,対象生物の数が増えると,構成可能な候補系統樹の数が組合せ的に増大する.このため,最尤法で言う最適な系統樹を作成するには,何らかの発見的または近似的な探索手法が必要となる.そこで,本研究では,この分枝系統樹の作成に遺伝的アルゴリズムを適用した.系統樹を数列で符合化し,一様乱数による交叉と突然変異と言う比較的簡単な実現の結果,ある程度良好な解が得られたが,GAのパラメータのチューニングとともに,解の品質の向上を加速するような何らかの機構が必要であることがわかった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1995-02-07
著者
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