遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
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概要
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遺伝子発現プロファイルの蓄積にともない,遺伝子制御ネットワークの推定に,より多くの実験条件を含む発現プロファイルを用いることが可能になった.しかし,モジュールネットワークのような推定手法を,そのような発現プロファイルに対して適用すると,推定精度の低下を招く恐れがある.モジュールネットワークは,発現プロファイルの実験条件の大半で類似した発現を示す遺伝子が多数存在することを前提とするが,多くの実験条件を含む発現プロファイルほどそのような遺伝子は少ない.そこで本研究では,発現プロファイルのバイクラスタリングの結果を利用する.発現プロファイルの実験条件がバイクラスタに含まれる部分のみを用いて推定を行うことで,推定精度の低下の軽減を図る.本手法を出芽酵母の複数の発現プロファイルに対して適用し,有効性を検証した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-10-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
瀧 浩平
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
竹中 要一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科
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