XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
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概要
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分子系統樹とは,生物の持つDNA塩基配列等のデータから作成された,遺伝子の進化過程を木構造で表現したものである.分子系統樹はその有用性にも関わらず,公表された分子系統樹を体系的に格納し、検索できるように整備されたデータベースが存在しなかった.そこで,本研究では,分子系統樹データをXMLに基づいた書式でデータベースに格納し,検索できるシステムを開発している.XMLを採用することで分子系統樹のデータそのものだけでなく出典などの分子系統樹に関する付加情報もデータをして扱えるようになる.また,分子進化解析の研究の進展に伴って発生する新たな関連や機能に関する情報の追加にも柔軟に対応することが可能となる.本論文ではXMLを用いて分子系統樹データを表現する方法を示し、そのデータベースの検索方法について説明する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1999-07-21
著者
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
吉川 孝伸
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
岸浪 リサ
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
増山 智久
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
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