最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法
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概要
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本稿では, 多数のタンパク質アミノ酸配列の集合から共通して保存されている領域を求める手法について述べている.この手法では, 各アミノ酸配列から切り出した固定長ブロックを頂点とし, それらの間の類似度を辺の重みとするグラフから最大密度部分グラフを探索することにより, 共通保存領域を見つける.このため, 配列ごとに共通保存領域の順番が異なっているような複雑なタンパク質ファミリに対しても共通保存領域を求めることができる.実際に複雑な領域構成をしているいくつかのタンパク質ファミリに本手法を適用してその有効性を確認した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-07-24
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
谷 秀城
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
竹谷 英泰
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
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