系統プロファイルを利用した代謝反応ネットワーク中の保存領域抽出手法(Pathway and database)
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概要
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年々増加する代謝ネットワークの情報から生命機能情報を抽出するための方法について注目が集まりつつある.本研究では, 代謝ネットワークから生物種間で保存されたサブネットワークを網羅的に探索する手法を開発した.本手法では代謝ネットワークをグラフとして扱い, グラフ中で隣接した酵素反応間の類似スコアを系統プロファイルに基づいて定義する.探索アルゴリズムは深さ優先グラフ探索に基づいている.19の生物種についてKEGGのデータを本手法に適用したところ, ほとんどの生物種に保存されたサブネットワーク, および古細菌とバクテリアで保存されたトリプトファン生合成系パスウェイが結果として得られた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-12-22
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
三宅 晶子
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
竹中 要一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
竹中 要一
大阪大学大学院基礎工学研究科
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