パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム
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概要
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生体内の化学反応の多くは, 酵素を触媒として, ある化合物(基質)を, 別の化合物(生成物)に変換することにより構成される.こういう一連の反応経路を一般にパスウェイと呼ぶ.代謝反応のパスウェイに対する比較分析は, 進化の過程で生物がどのようにそのパスウェイを獲得したか, さらには, ある化合物を合成する方法についての知見を得るうえで重要な情報となる.パスウェイを構成する各酵素は, 触媒する化学反応のタイプにより4組の数字からなるEC(Enzyme Commission)番号が付けられ, 系統的な分類がされている.したがって, 共通のパターンをみつける際には, 機能階層により条件緩和できることが望ましい.そこで, 本研究では, 情報量という評価基準を用い, 本構造の概念階層を持つ記号に対して拡張されたマルチプルアライメントアルゴリズムを提案する.実際に, 解糖やアミノ酸分解, DNAの複製にかかわるパスウェイに対し本アルゴリズムを適用し, その有効性を確かめた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2000-11-15
著者
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
橋本 昭洋
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
遠里 由佳子
大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
遠里 由佳子
大阪大学 大学院情報科学研究科
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