有用細菌(乳酸菌等)の全ゲノム塩基配列決定, 比較ゲノム解析および有用遺伝子の機能解明(平成14年度麻布大学公的研究助成金事業研究成果報告)
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概要
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L.fermentumとL.reuteriは,分類学上の生理生化学的諸性状が一致することから同一菌種とされていたが,L.reuteriが独立する分類がなされた。分類学上の諸性状が一致するにもかかわらず,プロバイオティクス効果の知見はL.renteriに集中している。そこで,プロバイオティクス効果と遺伝的な背景を考察するために,両菌種の全ゲノム塩基配列を決定し比較ゲノムによる両菌種の遺伝子な特徴づけを行った。パルスフィールドゲル電気泳動法により両菌株のゲノムサイズを推定した。プラスミドは両菌株共に存在しなかった。染色体DNAの平均2.0kbと約10kb断片のゲノムライブラリーを構築した。各クローンに対してDYEnamic ET Terminator(Amersham Biosciences社)によるシークエンス反応を行い,キャピラリーDNAシークエンサーで解析した。得られたデータは,Phred/Phrapによるアッセンブルと,アノテーションはGenome Gambler(MKI社)により行った。ゲノムサイズは両菌株とも約1.8Mbでほぼ同様であったが,両菌株のゲノムの制限酵素地図的にはかなり異なっていた。ORFの数はそれぞれ1,600ぐらいで,輸送,エネルギー代謝に分類される遺伝子が主であった。両菌株よりβ-グルクロニダーゼ遺伝子は見つからなかった。ロイテリン(抗菌性物質)産生系は,L.reuteriにおいてオペロンとしてコードされていたが,L.fermentumには存在しなかった。プロバイオティクス効果においてヒト腸管付着因子の存在は重要であり,L.reuteriでいくつかの細胞付着性遺伝子が確認された。
- 麻布大学の論文
著者
-
内藤 博之
麻布大学獣医学部
-
和田 恭則
麻布大学獣医学部内科学第三研究室
-
坂田 亮一
麻布大学獣医学部
-
西田 利穂
麻布大学獣医学部生理学第一研究室
-
坂田 亮一
麻布大獣医
-
森田 英利
麻布大学獣医学部
-
政岡 俊夫
麻布大学獣医学部
-
茅根 士郎
麻布大学獣医学部
-
有嶋 和義
麻布大学獣医学部
-
木内 明男
麻布大学獣医学部
-
紫野 正雄
麻布大学獣医学部
-
斉藤 康秀
麻布大学獣医学部
-
印牧 信行
麻布大学獣医学部
-
滝沢 達也
麻布大学獣医学部
-
加藤 行男
麻布大学獣医学部
-
村上 賢
麻布大学獣医学部
-
福山 正文
麻布大学健康環境科学部
-
岸川 正剛
麻布大学健康環境科学部
-
久松 伸
麻布大学健康環境科学部
-
吉村 哲彦
(財)山形県産業技術振興機構
-
柴 忠義
北里大学理学部
-
服部 正平
北里大学北里生命科学研究所
-
紫野 正雄
麻布大・獣医
-
吉村 智彦
(財)山形県企業振興公社・生物ラジカル研究所
-
服部 正平
東大院新領域
-
久松 伸
麻布大学環境保健学部
-
有嶋 和義
麻布大学獣医学部解剖学第二研究室
-
森田 英利
麻布大学獣医学部 動物応用科学科
-
印牧 信行
麻布大学
-
印牧 信行
麻布大学獣医学部第三獣医内科学教室
-
柴野 正雄
麻布大学獣医学部
-
茅根 士郎
麻布大学 寄生虫
-
木内 明男
麻布大学
-
木内 明男
麻布大学獣医学部獣医学科微生物学第一研究室
-
久松 伸
麻布大学 獣医学部
-
久松 伸
麻布大学健康環境科学科環境化学研究室
-
柴 忠義
北里大学理学部生物科学科
-
服部 正平
麻布大学 獣医学部
-
和田 恭則
麻布大学獣医学部
-
和田 恭則
山形県くみあい畜産研修センター
-
和田 恭則
麻布大学 獣医学部
-
岸川 正剛
麻布大学生命・環境科学部
-
紫野 正雄
麻布大学大学院獣医学研究科
-
西田 利穂
麻布大学生理学第一研究室
-
西田 利徳
麻布大学生理学第一研究室
-
斉藤 康秀
麻布大 獣医
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