最大重みクリークの近似抽出解法によるRNAの二次構造予測
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概要
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RNAの二次構造予測問題はゲノム情報解析の一つとして現在研究が進められている。この問題は動的計画法を用いることにより多項式時間で解く方法が知られているが、解に制約が大きくシュードノット構造が扱えない、実際の構造と予測結果とが必ずしも一致しない等の問題点がある。これに対し、塩基対の連続した領域(スタック領域)の組合せを解として求める手法は多様な解をとり得る。本稿では、後者の一つである文献[2]の考え方に基づき、この予測問題をグラフ理論における最大重みクリーク問題に定式化し直し、これに対してボルツマンマシンを用いた近似解法を実働化して、その実験結果を示す。
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 1995-09-05
著者
-
富田 悦次
電気通信大学
-
富田 悦次
電気通信大学|中央大学研究開発機構
-
田中 健夫
電気通信大学電子情報学科
-
若月 光夫
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・電気通信大学情報理工学研究科
-
若月 光夫
電気通信大学 先進アルゴリズム研究ステーション
-
若月 光夫
電気通信大学
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