組合せ最適化手法によるシュードノット構造を含んだRNAの二次構造予測
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概要
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遺伝子情報解析の問題の一つであるRNAの二次構造予測は、生体現象に関与しているRNAの平面的な近似構造をその配列から予測する問題である。この問題を動的計画法によって効率良く求める手法が既に提案されているが、この手法では部分問題への分割を困難にするシュードノット構造を扱うことは難しい。これに対して、組合せ的手法はシュードノット構造も扱い得るので、本稿では、これをニューラルネットワークを用いて実現し、塩基間結合を平面的に記述するような制約を導入した予測法を提案する。本手法の特徴は、この制約の強度を温度パラメータで制御することによって、ランダムサーチ的な探索からRNAのフォールディングシミュレーションに近い探索ヘ徐々に移行できることである。これを用いた計算機実験では、実際にシュードノット構造を持つRNA配列に対してその抽出が確認され、本手法の有効性が示された。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1996-11-26
著者
-
若月 光夫
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・電気通信大学情報通信工学科
-
富田 悦次
電気通信大学
-
富田 悦次
電気通信大学|中央大学研究開発機構
-
田中 健夫
電気通信大学電子情報学科
-
若月 光夫
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・電気通信大学情報理工学研究科
-
若月 光夫
電気通信大学 先進アルゴリズム研究ステーション
-
若月 光夫
電気通信大学
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