アミノ酸残基の空間的出現確率によるDNA Binding Proteinの機能部位解析
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概要
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遺伝子発現制御のメカニズムを解明するには、DNA Binding Protein (DBP)の結合部位の構造特性を解明する必要がある。現在のDBPの機能分類は、配列モチーフが主たる根拠となっている。しかし、配列モチーフには、DBPの構造維持に係わるものとDNA結合の特徴を示すものが混在しており、必ずしもDNA結合部位に着目した分類とはなっていない。一方、我々は、局所構造情報に基づいた機能部位予測を目的に開発されたFCANALを応用し、DNA結合部位におけるアミノ酸残基配置の空間的出現確率が、構造的特徴によく対応することを見出してきた。本研究では、これを応用し、DNA結合部位の構造特性によるDBPの分類を試みた。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-09-13
著者
-
山登 一郎
東京理科大学基礎工学部
-
山登 一郎
東京理科大基礎工
-
宮崎 智
東京理科大学
-
宮崎 智
東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
-
坂辻 侑華子
東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
-
沖原 伶佳
東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
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