膜タンパク質ブラウン動力学シミュレーション法の開発
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概要
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ブラウン動力学（Brownian Dynamics；BD）法は溶媒を明示的に扱わないため計算を高速化することができる。従来のBD法は水環境でのタンパク質シミュレーションを対象にしていたため、膜タンパク質には適用できなかった。本研究では膜環境をも非明示的に再現することによってBD法を膜タンパク質のシミュレーションに適用できるように拡張した。αヘリックス構造のポリアラニンペプチドやパピロマーウイルス由来のE5タンパク質、蜂毒のメリチンをモデルとしてシミュレーションした結果、疎水性であるポリアラニンとE5膜タンパク質は膜中で安定に存在した。また、両親媒性であるメリチンペプチドは膜表面に安定に結合していた。これらの結果から、本膜モデルを用いたBD法は膜タンパク質のシミュレーションに有効であると考えられる。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2007-12-15
著者
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山登 一郎
東京理科大学基礎工学部
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山登 一郎
東京理科大基礎工
-
安藤 格士
東京理科大学基礎工学部
-
金 完起
東京理科大学量子生命情報研究センター
-
伊藤 隆宏
東京理科大学基礎工学部
-
安藤 格士
東京理科大・基礎工・生物工
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