Two-way AIC:マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子検出の新手法
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
DNA マイクロアレイの遺伝子発現データから、真に生物学的に繋がりがある遺伝子群を選択的に検出するのは未だ難しい問題であり、今後も更なる発展が求められている。近年では大量の遺伝子発現データが個人レベルで取得可能となってきた。そこで本研究では、複数の比較実験データを統合したメタデータセットから得られる実験側で見た変動と遺伝子側で見た変動を利用し、両方向で発現変動を判定する、two-way AIC という手法を開発した。two-way AIC と他の統計手法を比較したところ、どの手法よりも two-way AIC は特異度が高く、また超幾何分布の値が低かった。そのため two-way AIC は機能的に繋がりがある遺伝子群を選択的に検出する能力に優れているということが示された。
- 2011-11-24
著者
-
富永 大介
独立行政法人産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
-
宮崎 智
東京理科大学薬学部生命創薬科学科
-
富永 大介
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
-
宮崎 智
東京理科大学
-
權 娟大
東京理科大学薬学部生命創薬科学科
-
露? 弘毅
東京理科大学大学院薬学研究科薬科学専攻
-
宮崎 智
東京理科大学 薬学部
-
權 娟大
東京理科大学 薬学部
関連論文
- ゲノムデータベースと遺伝学 (遺伝学はゲノム情報でどう変わるか--ポストゲノム時代を展望する) -- (ゲノムをめぐって)
- 細胞の状態遷移検出のための小サンプル時系列データの最適モデリング
- 細胞の状態遷移検出のための小サンプル時系列データの最適モデリング
- 遺伝子転写制御領域を利用した遺伝子群の共通性探索について
- 遺伝子転写制御領域を利用した遺伝子群の共通性探索について
- S-systemを用いたGAによる遺伝子ネットワーク予測
- 情報学的理論を用いたインフルエンザウイルスの進化メカニズムの解明
- 情報学的理論を用いたインフルエンザウイルスの進化メカニズムの解明
- Webサービスによるバイオ情報資源の統合化の可能性(バイオインフォマティックス(2))
- 1 ゲノム解析の現状と将来(シンポジウム ゲノム情報と感染症(診断・治療・予防への応用),第580回新潟医学会)
- 微生物学とデータ科学の接近 : ポストゲノムシークエンシングといわれるフェーズを迎えて
- 微生物多様性研究を支援する電子的ワークベンチ
- 2E15-1 分類同定を目的とした電子的ワークベンチ InforBIO の応用
- 微生物多様性研究を支援する電子的ワークベンチ
- XMLのプレゼンテーションと検索
- ゲノム情報ブローカGIB : 微生物ゲノムのデータ検索と比較解析支援システム(ゲノム多様性)
- XMLの生物情報への応用
- 大規模配列データの解析に対する情報論的アプローチ
- B-6 WDCMにおけるWWWサーバの構築(マルチメディア環境)
- B-4 蛋白質抗原sequencial epitopeの特徴とPIR(専門分野知識)
- WDCMにおけるWWWサーバの構築
- B-1 酵母の分類と同定(専門分野からの接近(1))
- 生命現象における可逆と非可逆 (可逆と非可逆)
- ハイブリド-マデ-タバンク--モノクロ-ナル抗体に関するデ-タベ-ス
- バイオデータベースリテラシーと制御領域配列を利用した新規創薬ターゲットの探索(誌上シンポジウム)
- アミノ酸残基の空間的出現確率によるDNA Binding Proteinの機能部位解析
- 恣意的な判断基準を持たない時系列データの周期性判定法(Expression analysis)
- 生体内ネットワークの構造推定のためのS-systemモデルの構造制限付き最適化(バイオインフォマティックス)
- 生体内ネットワークの構造推定のための S-system モデルの構造制限付き最適化
- エントロピー進化率によるHIV変化過程の解析
- 細胞アレイのための大規模画像処理システムの開発
- バイオメタデータベースの構築とその応用(第17回(2009年度)年次大会(研究報告会&総会))
- SLCトランスポータータンパク質の網羅的データベースの構築と基質特異的モチーフによる機能部位予測
- 相互情報量の応用による未知シスエレメント配列の予測(セッション2:『機械学習によるバイオデータマインニング』)
- 生物種間の配列パターンの変化に着目した情報科学的手法によるシスエレメント配列解析
- 遺伝的アルゴリズムを用いた局所的構造アラインメント
- 符号理論を用いた薬剤耐性菌の金属トランスポーター遺伝子の同定
- 符号理論を用いた薬剤耐性菌の金属トランスポーター遺伝子の同定
- フィブロネクチン分子由来インテグリン機能抑制性ペプチドの相互作用部位の予測
- フィブロネクチン分子由来インテグリン機能抑制性ペプチドの相互作用部位の予測
- RNAi効果の高いsRNA配列設計方法の構築
- RNAi効果の高いsRNA配列設計方法の構築
- 転写因子とそのシスエレメント配列の共進化解析
- 転写因子とそのシスエレメント配列の共進化解析
- Two-way AIC:マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子検出の新手法
- Two-way AIC:マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子検出の新手法
- ボツリヌス毒素関連タンパク質のホモロジーモデリング
- 生物医学文献情報を用いた酸化ストレス起因疾患の標的候補遺伝子データベースの構築
- 生物医学文献情報を用いた酸化ストレス起因疾患の標的候補遺伝子データベースの構築
- ボツリヌス毒素関連タンパク質のホモロジーモデリング
- ヒト遺伝子プロモーターに存在する重複ＧＧＡＡ配列の生物学的役割
- 微生物学とデータ科学の接近 : ポストゲノムシークエンシングといわれるフェーズを迎えて
- 生活習慣病に関連した遺伝子オントロジーの構築
- 医薬品の構造式を起点としたADME予測モデルの構築(機械学習によるバイオデータマインニング,一般)
- 情報科学的手法によるnon-coding RNAの遺伝子発現制御の解析(機械学習によるバイオデータマインニング,一般)