符号理論を用いた薬剤耐性菌の金属トランスポーター遺伝子の同定

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概要

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グラム陰性桿菌である Stenotrophomonas maltophilia は、抗生物質の β-lactam 環を破壊する β-ラクタマーゼ酵素を産生することで、抗生物質の効果を無力化する。生化学的実験によって、S.maltophilia の薬剤耐性における重金属の取り込みに関連したトランスポーター遺伝子の重金属取り込み機構が、酵素の活性化と深く関係していることが明らかになっている。しかし、ほとんどの金属トランスポーター遺伝子に対しては、ホモロジー検索やモチーフ検索のような一般的なバイオインフォマティクス手法を適用することができない。そこで本研究では、情報理論の 1 つである符号理論を応用し、トランスポーター遺伝子の膜貫通領域の親水性アミノ酸を符号理論における冗長部分とみなすことにより、金属トランスポーター遺伝子の同定を試みた。
2011-11-24

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