ボツリヌス毒素関連タンパク質のホモロジーモデリング

概要

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ボツリヌス菌が産生する非毒非血球凝集素 (nontoxic nonhemagglutinin,NTNHA) は 2012 年 3 月にその結晶構造が初めて公開された.しかし,その構造の一部は欠損しており, NTNHA の全体構造の分析のためには,計算機を用いて NTNHA の構造を扱う手法を確立する必要がある.そこで,本研究では,その結晶構造が正解構造であるとして構造予測の精度の検証を行う. NTNHA は配列長が 1000 を超える巨大タンパク質のため,構造予測の手法としてホモロジーモデリングが妥当であると考えられる.実験的に構造が決定されたタンパク質の中で,ボツリヌス菌が産生する神経毒素は NTNHA の全長に対して約 40% の配列類似性を持っている.そこでそのボツリヌス毒素を基にして NTNHA の全体構造の予測を行ったが, NTNHA のドメイン構造間のフレキシビリティのために精度が低いと考えられた.そのため, NTNHA を 3 つのドメインへ分割しホモロジーモデリングを行ったところ精度が向上した. NTNHA の構造予測は,第 1 段階として,ドメイン構造への分割が有効になると考えられる.
2012-11-29