細胞の状態遷移検出のための小サンプル時系列データの最適モデリング

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概要

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遺伝子発現の時系列を複数のステージに分け、分布モデルを各ステージに当てはめると、時系列全体の尤度を計算できる。また尤度が最大になるように分割点を選ぶことができ、何分割すればよいかを考慮に加えれば、情報量規準により最適な分割数を決めることができる。DNA microarray の時系列データの場合には、各観測時刻についてそこが分割点となる遺伝子の個数を、細胞レベルから見た状態遷移としての度合いとして見ることができる。このアルゴリズムを実装し、シミュレーション・データと遺伝子発現データに適用した。
2010-12-09

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